XX. mendeko lehen urteetan ezbehar ugari jasan behar izan zuten Lekeitioko arrantzaleek. 1901, 1902, 1906 eta 1908ko ekaitzek eta, batez ere, 1912ko galarrenak suntsipen handia eragin zuten ontzidian, eta horrek mugarri bat markatu zuen.
1912. urteko abuztuaren 12 eta 13aren arteko gauean izugarrizko ekaitz batek jo zuen Kantauri kostaldea, eta Matxitxako lurmuturretik 50 bat milatara atunetan zebiltzan 143 arrantzale bizkaitar galdu ziren. Bermeo, Elantxobe, Lekeitio eta Ondarroako semeak ziren gehienak. Kalte handiena jasan zuen herria Bermeo izan zen, bertako 116 marinel irentsi baitzituen itsasoak. Baina galdutako hemezortzi txalupetatik, bi Lekeitiarrak izan ziren, San Nikolas eta San Juan Bautista. Horietan zihoazen hamasei arrantzale hil egin ziren, eta bederatzi alargun eta 28 umezurtz utzi zituzten.
Hala ere, izan zen galarrena hartatik bizirik atera zenik ere. Euretako bat Juan Daniel Eskurza lekeitiarra izan zen. Eskurzak hiru egun eman zituen itsasoan masta bati lotuta argaz (argazkia I / argazkia II), Donostiako Mamelena 12 baporeak aurkitu zuen arte. Ezbeharraren ostean, Espainiako errege Alfonso XIII.a Lekeitiora etorri zen bizirik atera zen marinela bisitatzera (argazkia).
Nabarmendu behar da galarrena hartan beladun txalupak bakarrik hondoratu zirela. Izan ere, horiek ez bezala, baporezko motorra zeukaten ontzi guztiek portura heltzea lortu zuten. Gertakari horrek ontzidiak modernizatzeko zuen beharra erakutsi zuen, eta arraun-ontzi eta belaontzien akabera markatu zuen.
Ordura arte mota ezberdinetako laurogei bat itsasontzik osatzen zuten Lekeitioko ontzidia, baina 1918rako, 203raino igo zen kopurua. Lekeition, XIX. mende amaierako datuen aldean, %15 igo zen arrantzale kopurua, eta Bermeo eta Ondarroarekin batera, Bizkaiko portu garrantzitsuenetako bat izaten jarraitu zuen.
Baporezko eta, geroago, dieselezko motorraren sarrerak, puntako aurrerapen teknologikoek nahiz kontserba industriaren zabalkundeak arrantza suspertu zuten. 1960 eta 1970. urteetan izan zuen arrantzak bere historiako urrezko garaia, 763raino iritsiz arrantzale kopurua.
Mende horretan atunaren harrapaketek inoizko kopururik altuenak izan zituzten, eta harrapatutako antxoa edo sardina kopurua ere gorako joan ziren hamarkadaz hamarkada. Bestalde, bisiguak garai batean izan zuen garrantzia galdu egin zuen, eta baita legatzak ere, bereziki 1950etik aurrera.
XX. mende erdialde horretan, hamar arraste-ontzi izatera iritsi zen Lekeitioko portua. Badirudi hazkunde hori II. Mundu Gerraren (1939-1945) ondorioz gertatu zela, Europako herrialde gehienak gerran egonda, ordura arte Frantziak edo Erresuma Batuak ustiatutako arrantza-tokiak libre geratu baitziren.
Arraste-ontziak bikoteka aritzen ziren arrantzan, elkarren artean sare handiak arrastatuz eta horietan jausten zen guztia harrapatuz. Mota horretako azken bi arraste-ontziak 1960ko hamarkadara arte iraun zuten. Izan ere, portuak ez zeukan horrelako ontziak mantentzeko beharrezko azpiegiturarik. Hala ere, arraste-ontzien kopuru hori ez zen handia izan Bizkaiko beste portu nagusiekin alderatuz gero.
1990eko hamarkadatik aurrera, hainbat arrazoi zirela medio, gainbeheran murgildu zen arrantza. Alde batetik, lehorreko lanbideek eskaintzen zituzten lan-baldintza hobeek belaunaldi aldaketa gauzatzea eragotzi zuten. Bestetik, espezie jakin batzuen biomasak izandako jaitsierak kontrol eta harrapaketa kuota zorrotzak ezartzea ekarri zuen. Horrez gain, merkatuko lehiakortasun handiak; ur jurisdikzionalak ia toki guztietan berrehun milietara mugatzeak; eta, Espainia Europar Batasunean sartzean, arrantzarako flotan egin beharreko birmoldaketek sektorea krisi larrian utzi zuten Bizkaia osoan. Ondorioz, Bizkaiko arrantza sektorea Ondarroa eta Bermeon kontzentratu zen, Lekeitio bezalako portuak bigarren maila batera igaroz.
Gaur egun, bi ontzi handi eta itsasbazterreko arrantzan aritzen diren dozena erdi lebazale baino ez dira gelditzen Lekeition. Antxoa edo hegaluzea bezalako espezien arrantza mantentzen den arren, ontzi handiek txitxarro eta berdelaren harrapaketarekin osatzen dute euren jarduera, nahiz eta bi espezie horiek kalitate txikiagokotzat hartzen diren.