XVIII. mendean, itsasoz bestaldeko arrantzaren amaiera iritsi zen. Kalen gehiegizko ustiatzeak, klimaren gorabeherek, krisi orokortuak, etengabeko gerrek eta potentzia handien arteko gatazkek gogor erasan zuten sektorea. 1739. urtera arte aritu ziren Ternuan Lekeitioko arrantzaleak bakailaoa nahiz baleak harrapatzen, baina data horretatik aurrera bere akabera izan zuen. Horrek ekonomia gogor kolpatu zuen eta aldaketak ekarri zituen arrantza sektorean.
Mende horretako 60ko urteetara arte alturako nahiz baxurako produkzioak gora egin zuen nolabait, nahiz eta gorabehera batzuk izan. Baina garai horretan, balea eta bakailaoaren ordez, beste espezie batzuk nabarmendu ziren berriz ere. Hala nola legatza, bisigua, atuna, itsas aingira, marrazoa edo bigarren mailako beste arrain batzuk. Atlantikoaz bestaldeko arrantzaren krisitik irteten laguntzeko sardinaren eta antxoaren arrantzak ere paper garrantzitsua jokatu zuen.
Hala ere, Lekeition ez zen erraza izan itsasbazterreko arrantza berreskuratu eta garai berrietara egokitzea. Hiribilduan, txakolingintza edo burdingintza bezalako sektoreek gaina hartu zioten arrantza sektoreari, eta hori udal politika mailan ere nabaritu egin zen, sektore horien arteko hainbat interes gatazka sortuz.
1766. urtean ordenantza berriak idatzi zituen Kofradiak. Horietan, itsasoz bestaldeko arrantza amaitzearekin batera sortu zen egoera berria berretsi zen, eta bestelako arrantza motak arautzeko eta indartzeko ahalegina egin zen. Adibidez, gauez egindako arrantzak babestu ziren, batez ere sardina eta antxoarena. Esan bezala, bi espezie horiek indarra hartuz joan ziren ordutik aurrera.
Dena dela, birmoldaketa hori arrantzaren sektoreak kapitala galdu izanaren ondorio izan zen. Esan bezala, lehorreko eta itsasoko negozio gizonen artean liskarrak gertatu ziren eta horrek kalte ekonomikoa ekarri zuen. Kofradiarentzat askoz zailagoa izan zen maileguak lortzea. Horri, gainera, erreklutatzeak saihesteko ordaindu beharreko zorrak gehitu zitzaizkion, urte horietan gerra bat baino gehiago izan baitzen gure lurraldean: Konbentzio Gerra (1793-1795), Espainiako Independentzia Gerra (1808-1814) eta Lehen Gerra Karlista (1833-1839).
Hori dela eta, arrantzaren birmoldaketa itsasontzi txikiagoei esker egin zen, eta batez ere, baxurako arrantzari esker. Hala ere, alturako txalupen kopuruak eutsi egin zion bere mailari. Horrela, 1810. urtean, esaterako, alturako 22 arrantzontzi eta baxurako hogei zeuden Lekeitioko portuan; eta 1856. urtean, berriz, hogei eta 30 hurrenez hurren. Arrantzaleak batez ere sardina eta antxoatan aritzen ziren, eta eguraldiak uzten zuenetan, alturako ontzietan bisigu, atun edo legatzak arrantzatzera ere joaten ziren.
Halaber, urte gorabeheratsuak izan arren, arrantzale kopuruari eutsi egin zitzaion, 1766 eta 1857. urteen artean laurehun bat gizon aritu baitziren ofizioan. 1883 eta 1930 artean, gainera, kopuruak goraka egin zuen seiehun arrantzale inguru izateraino.
Laburbilduz, esan daiteke, euskal portu gehienetan bezala, XVIII. eta XIX. mendeetan baxurako arrantzaren aldeko apustua egin zuela Lekeitiok ere. Zailtasunak zailtasun –hango eta hemengo gerrak, itsasoz haraindiko arrantzaren akabera, Amerika edo hiri handiagoetaranzko emigrazioa, itsas ibilbideen gainbehera– arrantza sektorea berrasmatzen eta moldatzen jakin zuten lekeitiarrek. Asmo horretan lagundu zuten aurrerapen teknikoek edota azpiegitura nahiz garraiobideen garapenak. Esaterako, trenbidea 1866an Gernikaraino heldu izanak asko erraztu zuen arrainaren esportazioa.