1994. urtean, Lekeitioko hiribilduko Plan Berezia (PERI) osatzeko ikerketa historiko urbanistiko bat burutu zen, hainbat indusketa arkeologiko eginez. Bertan aurkitutako arkeologia aztarnek Lekeitioko gune historikoak bi hirigintza plangintza jaso zituela erakutsi zuten. Lehena erromatar garaikoa, eta bigarrena, Erdi Arokoa.
Induskatutako guneak Arranegi kaleko 2. zenbakia –udaletxe ingurua–, Azpiri kaleko 13. eta 15. zenbakiak, Santo Domingo komentua, eta Beheko kalearen eta Dendari kalearen arteko orube bat izan ziren. Soilik lehenengo bietan aurkitu ziren erromatar garaiko aztarnak. Horien artean, sigillata hispanica, zeramika arrunta, hezurrak, zepak edo eskoriak, eraikuntzarako materialak –adreiluak, beirak, teilak, iltzeak, marmola– eta abar. Ikerketa horren bitartez, Lekeition erromatar garaian asentamendu egonkor bat izan zela dokumentatu zen.
1996. urtean, beste ikerketa arkeologiko bat burutu zen asentamendu horren hedapena zehazteko asmoz, eta aztarnarik garrantzitsuenak Andre Mari elizaren ondoko plazatxoan eta Nautika Eskolako eraikiaren azpian aurkitu ziren. Aldi berean, 1995 eta 1996. urteen artean, beste hainbat indusketa burutu ziren Bizkaiko Foru Aldundiak martxan jarritako ikerkuntza proiektu baten baitan. Horien asmoa Erdi Aroko eta erromatar garaiko asentamenduak aztertzea zen. Gerora ere, alde zaharreko hainbat eremutan burututako berriztatze lanak aprobetxatuz, beste hainbat esku-hartze egin izan dira. Erromatar aztarnak aurkitu ziren, esaterako, 1998. urtean Ezpeleta kalean, R.M. Azkue kalean, eta Sosoaga jauregian egindakoetan.
Ikerketa eta esku-hartze horiek egin badira ere, oraindik asko dira argitu gabeko kontuak. Nukleoaren nolabaiteko hedadura marraztu den arren, bere mugak zehaztea falta da oraindik; eta, aurkitu diren eraikuntza materialek eraikin garrantzitsuak egon zirela erakutsita ere, momentuz, ez da etxe-orube edo kalerik agertu.